Во всем, что касается третейского разбирательства споров и принятия по ним решений, Третейский Суд независим от органов управления и сотрудников учредителя Третейского Суда, его обществ и организаций, иных лиц.

Особенностью «Патентного третейского суда» является, предусмотренная «Положением о Патентном третейском суде», возможность, по соглашению сторон, проведения судебных заседаний в режиме телеконференции.